Có một ngày bạn “sờ nắn” được genome của mình …

Tôi là một huge fan của Apple Store , và tin rằng có một ngày mọi thứ đều được mua/bán và theo dõi online trên store.
Tôi mê mẩn WC và helix cũng như vô cùng ngưỡng mộ Willy Gilbert và Sanger.
Vì vậy, thật thú vị khi ta có thể Cashing in on your genes. Hãy thử tưởng tượng bạn có thể subscribe to services that slice and dice your genome in different ways, và service này được bán như app trên Apple Store vậy. What an incredible stuff!
23andMe là một trong những công ty tiên phong trong nghành công nghiệp non trẻ này, hãy thử tưởng tượng những gì người ta đang làm với genome business hiện nay như là thời cách mạng dot-com gần 20 năm về trước vậy. Chắc chắn sẽ có những Google mới ra đời bên cạnh những ông kẹ “Microsoft nổi tiếng”, cơ hội không nhỏ cho các sinh viên biotechnology có hoài bão business. Đời thật đẹp khi được chứng kiến những khoảng khắc này !
Vốn là sinh viên nghành máy tính, tôi hay bị distract bởi những mỹ từ như thế này Novel Computational Model: How Parkinson’s Medications Affect Learning and Attention. Cái này làm tôi nhớ đến câu chuyện neural network của thập kỷ tám mươi thế kỷ trước, mô hình này còn thú vị hơn vì nó thực sự có ứng dụng cho nghiên cứu não bộ trong khi neural network vô cùng đẹp về mặt tính toán và ứng dụng nhưng lại không thể back lại để understanding các activities của não bộ. Chỗ tôi làm có ông này (Barry Dickson) là chuyên gia hàng đầu về nghiên cứu não, tôi có quen tụi Tàu ở lab này khá đông và đều thành công cả.
Thời tiết vừa rồi quá lạnh, một ông giáo sư xác suất tôi quen bảo đây là đợt lạnh nhất trong vòng 15 năm qua ở Áo. Nhiều người bảo tôi trái đất đang nóng lên cơ mà, sao giờ lại là “Global cooling” à. Câu trả lời là không, không phải, biến đổi khí hậu hay người ta hay gọi tắt là hiện tượng nóng toàn cầu làm cho khí hậu thế giới thay đổi với tốc độ nhanh và khó dự đoán, nguyên nhân ở đây Feeling That Cold Wind? Here’s Why. Bài này trên NYTimes, worth to read.

Chuyện tửu, sắc và cuộc đời qua 6 cái chai :D

Người Việt Nam có chuyện tiếu lâm về “tửu và sắc”, có tửu thì phải có sắc và ngược lại, nhưng nhớ là đừng dùng nhầm “sắc” của người khác không là lãnh đủ đòn …
Gạo (rice) và lúa mỳ (wheat) là hai nguồn thực phẩm chính của cả thế giới từ Á Đông cho tới phương Tây tiên tiến.
BMC Evolutionary tuần trước có bài của tụi Tàu nghiên cứu về tiến hóa của gene có tên là ADH1B Arg47His trong cư dân Đông Á (chủ yếu là người Hoa và người Tibet) và correlation của nó với gạo, từ đó giải thích mối quan hệ causal giữa sự phổ biến/lan rộng (spread) của văn minh lúa nước (tạm dịch từ rice agriculture) và sự tiến hóa của genes đó. Đại khái như: 50%  variance trong spread of rice agriculture là do variance của các alleles đối với genes nêu trên, một phát hiện khá thú vị và có ý nghĩa trong nông nghiệp.
Nhưng vẫn chưa thấy thông tin về “tửu” nhỉ? Tác giả của Science Blogs có đề cập đến một câu hỏi thú vị là tầm quan trọng của “alcohol metabolism” (tạm dịch: sự trao đổi cồn) trong thích nghi sự sống của con người mười ngàn năm qua. Tôi cho là câu hỏi này hay, và đáng nghiên cứu để đưa đến những kết luận về local adaptation như bài báo trên của dân Tàu. Tác giả có đưa ra một số luận cứ mà theo tôi là khá thuyết phục như: Not only does alcohol provide energy, but its psychological boost is obvious when it comes to the grinding life of a farmer. Hóa ra là thế, đọc tiêu đề tôi cứ tưởng là sẽ tìm được correlation giữa rượu, gạo và genes, đọc rồi mới biết không phải như thế nhưng thấy thú vị nên post lên cho dzui. Một benefit lấy được là cuốn sách này “A History of the World in 6 Glasses” đáng đọc, tạm thời chỉ nằm trong wish-list vì hiện tại tôi nhiều sách để đọc quá.
Nguồn : Science Blogs

Hoan hô anh Ngô Bảo Châu … Top 10 everything of 2009

Mượn bác Bút Tre cái (không vần nhưng hay)

Hoan hô hòa thượng Bảo Châu

Chân kinh khó nhọc bấy lâu đã về

Tờ Time của Mỹ (cần phân biệt với tờ Times của UK, tờ của bác Mỹ uy tín hơn về học thuật) vừa publish một danh sách ấn tượng ”The top 10 everything of 2009”. Phát hiện được coi là ảnh hưởng nhất năm qua là công trình nghiên cứu 17 năm của các nhà khoa học ở UC, Berkeley về tổ tiên cổ nhất của chúng ta, “Ardi” (4.4 triệu tuổi và chỉ được phát hiện vào năm 1992). Chiến thắng thuộc về nghành khảo cổ học, nhưng với tôi hai khám phá tôi thích nhất đứng ở vị trí số 2 và số 7 (số 7 may mắn đẹp hơn).

Vị trí thứ hai thuộc về dự án human DNA methylome của Joe Ecker và các cộng sự thuộc Viện nghiên cứu Salk, Hoa Kỳ. DNA methylome (chịu chưa nghĩ ra được tiếng Việt tương ứng) là genome người trong đó các vị trí được annotate có DNA methylation hay không. Có nhiều cách để làm việc này, nhưng trước năm ngoái người ta chỉ thành công với những đoạn genome ngắn (vì thế low-resolution). Bản đồ methylome trên toàn bộ genome với resolution đến từng bp đầu tiên được công bố trên Cell năm 2008 (với Arabidopsis). Với thành công này, vẫn nhóm nghiên cứu của giáo sư Ecker với hợp tác của cộng đồng Epigenome ở La Jolla đã bắt tay ngay vào dự án DNA methylome cho người. Họ chọn tế bào gốc (stem cell lines) và một tế bào ở phổi (connective differentiation với stem cell), và end up với vô số điều thú vị và tuyệt với trong đó có những điều làm thay đổi sự hiểu biết của sinh học về DNA methylation, ví dụ như trước đó người ta vẫn nghĩ methylation ở những vị trí non-CG là artifact, giờ đây nó là một features của DNA methylome với stem cell (tế bào gốc), bài đăng trên Nature tháng 10 vừa rồi. Nếu bạn là dân ngoại đạo, chỉ cần đọc bài này What Drives Our Genes? Researchers Map The First Complete Human Epigenome trong đó có trích “Although the human genome sequence faithfully lists (almost) every single DNA base of the roughly 3 billion bases that make up a human genome, it doesn’t tell biologists much about how its function is regulated” (tạm dịch: dù chúng ta đã có được bản đồ genome của người với khoảng 3 tỷ ký tự (lần đầu công bố năm 2003 với hai cái tên Eric Lander và Craig Venter) nhưng nó không hề cho ta biết các chức năng của genome được điều khiển/điều chỉnh như thế nào). What a story ! (10 năm nữa Joe Ecker sẽ được trao giải Nobel Y học, bạn tin không?)

Ngoài ra tong danh sách của Time còn có nhứng phát hiện của nghành Y( Liệu pháp gene chữa bệnh mù màu), tự động hóa(A robot perform science), thiên văn học (Phát hiện ra nước trên mặt trăng, A New Planet (or Brown Dwarf?) Discovered).

Nhưng với tôi tất cả không đẹp bằng tin vui mới nhất của anh Ngô Bảo Châu (xin phép gọi GS. Châu như thế vì anh còn rất rất trẻ) nói riêng và toàn nghành khoa học Việt Nam nói riêng. Tôi sững sờ, vui mừng, muốn thét lên, đi khoe đồng nghiệp khi đọc được tin The Fundamental Lemma, Solved. Hồi anh Châu được giải Clay, tôi còn ở Việt Nam và chưa biết được khoa học ở đẳng cấp thế giới như thế nào. Giờ khá hơn chút, và càng thấy tự hào hơn khi anh Châu giúp người Việt có tên trên bản đồ khoa học thế giới ở đẳng cấp cao nhất (U23 Việt Nam có thể vô địch Seagames, hàng triệu người đổ ra đường nhưng ở tuổi này với tôi Việt Nam có vô địch thế giới cũng chẳng bằng tin anh Châu sắp tới sẽ ẵm giải Fields , cả dân tộc mình hy vọng lắm lắm). Langlands program (named after Robert Langlands), tôi không biết tí nào về nó chỉ biết nó cực khó và người ta đã chờ đợi hơn 30 năm để có những chứng minh hoàn chỉnh về nó. Báo Việt đã bắt đầu viết hay tren vnexpress. Tiêc là còn sạn về dịch thuật (ví dụ công trình của Ecker được dịch là “2.Giải mã gene di truyền ở người “). Một tin vui cho những người thích viết blog là anh Châu cũng có blog với biệt hiệu hòa thượng Thích Học Toán, và bản report của anh, nghe đồn bản chứng minh thật hơn 200 pages, giá mà ngày nào đó đọc hiểu được. Amazing!

Tôi có một ước mơ sẽ có một ngày đến Princeton thăm nơi làm việc cũ của Enstein (nếu ở Paris thì giá được thăm nhà khoa học nữ nổi tiếng nhất Marie Curie hay Descartes hoặc  Louis Pasteur, the father of modern medicine) và ngồi nhâm nhi cafe với anh Châu để nghe anh giảng Toán và chuyện bauxit. Chắc cao tăng lão tiền bối không nỡ từ chối đâu ?

Genome-wide Studies for developing countries, Champion Leagues, …

Bóng đá tuần qua có quá nhiều tin vui, hy vọng giữa tuần này lại nhận được tin vui từ Milan và Barca ở Champion League. Dạo này không đủ thời gian để viết về bóng đá nhiều như ngày xưa, ngay cả khi Milan và Barca chơi tuyệt như hiện nay.

• Phải chăng cuộc đua Scudetto trở lại ? Milan giành chiến thắng giòn giã 3-0 trước Sampdoria và việc Juve hạ Inter 2-1 trong trận derby Italia đã làm cuộc đưa Scudetto nóng trở lại ? Milan đứng thứ 2 hơn Juve 1 điểm và thua Inter 4 điểm. Cách đây 5 vòng, Milan còn thua Inter tới 9 điểm và trong hoàn cảnh Inter đã quen với thói quen “ông kẹ” ở Serie A (dù họ chơi ở C1 theo phong cách nào đi nữa), dường như Serie A 2009 lại là của riêng Inter. Cũng khó có thể nói tới việc Milan có đuổi kịp Inter hay không, nhớ một điều là Inter hơn hẳn đội khác ở chiều sâu, bình hùng tướng mạnh, chấn thương sẽ làm hỏng Milan và Juve nhưng hầu như không thế đánh ngã được Inter. Nghĩ làm gì nhiều, đời đang đẹp tội gì ta không cứ mơ đi !
• Chờ gì Champion League tuần này ? Tất nhiên là chiến thắng của Barca trên sân Kiev và Milan ở Zurich. Hoàn toàn nằm trong tầm tay, với Barca chỉ là giá lạnh nhưng Messi và Ibra thì lại đang rất nóng. Còn với Milan đã từ lâu người ta quên mất là họ đã từng thua FC Zurich ngay lại San Siro. Zurich hầu như chẳng còn gì mà phấn đấu, mà kể cả họ đá hết sức cũng phải có chấn động thực sự nếu muốn Milan không giành được 3 điểm.

Tuần qua có một số tin mới sau :

• GWAS chủ yếu giành cho các nước giàu (tất nhiên ), nhưng đôi khi ở những nước giàu lại không có đủ “địa lợi” như các nước đang phát triển, vì vậy nhu cầu cần có một cộng đồng nghiên cứu GWAS và cơ sở dữ liệu cho tất cả mọi người (như GeneBank của NCBI đã làm). Đây là chủ đề được bàn luận trên PLoS Medicine bởi các nhà khoa học từ Oxford, Wellcome Trust, …. Những nỗ lực đầu tiên Malaria Genomic Epidemiology Network, or MalariaGEN.
• Cũng trên PLoS và cũng trong GWAS context, Nicole Washington (Lawrence Berkeley National Laboratory) và Melissa Haendel (University of Oregon) kiểm tra giả thuyết rằng “ontological annotation of disease phenotypes will facilitate the discovery of new genotype-phenotype relationships within and across species.” (dịch ra tiếng Việt sợ không truyền tải được hết ý). Họ sử dụng phương pháp mới gọi là Entity-Quality (nghe như quan hệ thực thể trong lý thuyết cơ sở dữ liệu) để so sánh các ”gene-linked disease phenotypes” giữa các loài sinh vật mẫu , bao gồm loài cá nổi tiếng (zebrafish), và phát hiện ra rằng họ có thể xác định, thông qua độ tương tự của các kiểu hình đã báo cáo, các vị trí khác nhau (alleles) trên cùng một gene, hay các thành phần khác nhau trong signaling pathway hay các gene tương tự (orthologous genes) và các thành phần trong pathway giữa các loài này’ mà có thể liên quan đến các loại bệnh xem xét. Tôi có đi nghe seminar về GWAS khá nhiều, họ claimed rằng 70% là thất bại, trong trường hợp này chắc thuộc về 30% ít ỏi còn lại.
• Lại về genome-wide, Imperial College London xác định được gần $1.500$ transcripts enriched ở immune cells. Sử dụng phương pháp RNAi screening họ cung cấp “a molecular comparison of the transcriptome of these cells during malaria infection.”
• ChIP-Seq là độc chiêu lợi hại nhất để nghiên cứu về DNA-protein binding interaction và rất nhiều thứ khác nữa. Tuần trước trên Nature Methods, Massachusetts General Hospital published một phương pháp sequence ChIP trực tiếp dựa vào công nghệ Helicos. Điều tuyệt vời là phương pháp này chạy cả khi bạn có cực ít DNA (chỉ cần khoảng 50pg). That’s amazing !
• Genome Biology tuần qua giới thiệu một nghiên cứu trên ”mitochondrial proteome” xác định thêm ít nhất 50% kể từ khi loài người và yeast phân tách (tức là kể từ thời điểm tố tiên của hai loài cực kỳ khác biệt này còn tồn tại).
• Tandem repeats là những đoạn DNA ngắn (chỉ khoảng 2 hoặc vài nucleotides) lặp đi lặp lại trong genome. Cũng trên Genome Biology, European Institute of Oncology in Milan tìm ra các ”internal tandem repeats” bên trong các human primate-specific paralogs làm thay đổi cấu trúc các genes này. Họ đồng thời cũng phát hiện ra rằng 7% primate paralogous genes của người là chứa tandem repeats và một nửa trong số đó là ở exons (tức là vị trí được coding).

Tế bào gốc

Nghiên cứu tế bào gốc là một trong những nghiên cứu quan trọng trong sinh học phân tử. Gần đây giới nghiên cứu ở Mỹ nhận được một số tin tốt như New Stem Cell Lines Approved hay New Stem Cell Lines Open to Research (tin tiếng Việt trên BBC : “Obama duyệt nghiên cứu tế bào gốc“).

Tế bào gốc (tiếng Anh là Stem Cell) là gì và tại sao nghiên cứu về nó lại quan trọng?

• Tế bào gốc có ở hầu hết các loài sinh vật đa nhân (multi-cellular organisms, tôi từng viết một loạt bài ở đây, đây, và đây), nói nôm na là những tế bào có khả năng phát triển thành nhiều loại tế bào khác trong cơ thể con người. Tế bào gốc phân chia ra hoặc là tế bào gốc khác hoặc là các loại tế bào chức năng như tế bào cơ (muscle cell), tế bào máu (a red blood cell), hay tế bào não (a brain cell).
• Có hai loại tế bào gốc trong động vật và con người là : embryonic stem cells (trẻ) and non-embryonic “somatic” or “adult” stem cells (trưởng thành). Gần đây người ta phát hiện ra một loại tế bào gốc mới gọi là induced pluripotent stem cells (iPSCs), tôi có lần điểm tin.
• Tế bào gốc cực kỳ quan trọng vì những lý do (không đầy đủ) sau : (i) đơn giản và quan trọng nhất là nó giúp sản sinh tế bào và thay thế những tế bào chết, (ii) nghiên cứu về tế bào gốc có tầm quan trọng bậc nhất trong điều trị bệnh (ví dụ bệnh tim, hay bệnh đái đường (Diabetes)), (iii) tế bào gốc giúp chúng ta hiểu được các đặc điểm quan trọng của các loại tế bào khác nhau từ đó tìm ra các loại thuốc mới hay “to develop model systems to study normal growth and identify the causes of birth defects.” …

Tình hình nghiên cứu hiện tại của tế bào gốc

Tôi không biết nhiều nhưng chỗ tôi hầu như tháng nào, thậm chí có đợt cao điểm thì tuần hay thậm chí ngày nào cũng có nhưng seminar về tế bào gốc từ các chuyên gia hàng đầu thế giới, đi nghe những bài talks kiểu này ngộ ra được rất nhiều điều thú vị. Việc tổng thống Obama đề nghị thúc đẩy nghiên cứu tế bào gốc đủ cho thấy nó nóng như thế nào. Mỹ và châu Âu thì khỏi bàn, với 1,2 publications tốt với Stem Cells bạn có thể xin việc ở bất cứ nơi đâu. Các đại gia châu Á không tồi, Nhật cực mạnh với iPSC còn Tàu thì bắt đầu lên tiếng của một ông trùm với câu chuyện iPSC trên chuột vẫn còn quá nóng bỏng.

Còn ở Việt Nam thì sao ? Tôi cũng không phải là chuyên gia nhưng anh Google cho một số thông tin sau “Nóng vội nghiên cứu tế bào gốc có thể nảy sinh gian dối”, “Cuộc đua nghiên cứu tế bào gốc, ai sẽ thắng?”, “Nghiên cứu tế bào gốc: Chất xám VN theo kịp thế giới”, “Nghiên cứu “tế bào gốc” ở Việt Nam : lạc quan”, người Việt nổi tiếng nhất có thể là anh Phan Toàn Thắng ở Sing. Đọc cũng vui, nhưng phải chăng ta quá lạc quan ???

Soccer et. al

Sáng này nhận hai tin bóng đá thú vị

• Ibra ghi bàn duy nhất giúp Bara giành chiến thắng trận siêu kinh điển.
• Cuối cùng thợ săn đã lên tiếng, [[Huntelaar ghi bàn giúp Milan độc chiếm ngôi nhì bảng để tiếp tục challenge Inter.

Dưới đây là một số bài hay đáng đọc :

• Kỳ này trên Bioinformatics có một bài news and views khá thú vị về … Bioinformatics “Quá lạc quan trong nghiên cứu sinh tin“.
• Trên Science kỳ này có một số đặc biệt có cái title rất kêu News Focus – Science and the Stimulus tập hợp rất nhiều bài viết complementary hay news and views cực hay và must-read. Ví dụ như bài về trị bệnh ung thư này chẳng hạn A User’s Guide to Cancer Treatment.
• Cũng trên Science, một bài debate về quan hệ biện chứng giữa giảng dạy và nghiên cứu. Nguyên tắc “Teaching Strategies Based on Research” mà họ đưa ra thật tuyệt, làm tôi nhớ đến mấy bài viết của anh Hưng (Blog KHMT) về cái trick đưa nghiên cứu của mình vào giảng dạy như một hình thức PR hoàn hảo.
• Nature kỳ này đăng tin các nhà khoa học Nhật tập hợp phản đối sự cắt giảm ngân sách của nhà nước, hơi bất ngờ với một quốc gia chịu chi cho khoa học như Nhật Bổn “Japanese scientists rally against government cuts“. Khủng hoảng kinh tế đáng sợ thật !
• Gần đây có mấy tin khá funny về chuyện các nghiên cứu về biến đổi khí hậu bị hacking email, google cái thì ra hàng loạt. Gần đây nhất là tin trên NY Times Hacking email in climates changes, đọc qua cũng thấy khá thú vị.
• Systematic Biology mới có mấy bài nghe thú vị, ví dụ như New Heuristic Methods for Joint Species Delimitation and Species Tree Inference và Phylogenetic Logistic Regression for Binary Dependent Variables

Việt Nam sẽ sequence Sao la – that’s so cool !

Lễ Tạ ơn là một ngày nghỉ quan trọng của các dân tộc Bắc Mỹ cho dù vừa qua có nhưng tin buồn như thế này. Gần đây người ta bắt đầu bàn luận về việc ta có thể sequencing bữa tối trong ngày lễ Thanksgiving này: salad ngô đã sẵn sàng, tất nhiên thứ quan trọng nhất là gà tây (còn gì tuyệt với hơn tin này ” Just in time for Thanksgiving: The turkey genome!“, thực ra người ta đã khởi động từ vài năm trước).

Nếu bạn được phép sequencing những thứ trên bàn ăn, bạn chọn gì ? Câu hỏi này làm tôi nhớ đến một câu hỏi lớn hiện đang ám ảnh nghành Life Sciences What would you do if you could sequence everything (bài đăng trên Nature năm ngoái). Câu hỏi What would you do if it became possible to sequence the equivalent of a full human genome for only $1,000? cũng được coi là “Question of the year” năm vừa rồi, cũng xuất bản trên Nature.

Title là do tôi muốn giật thật hay theo kiểu giật gân nhưng không lá cải . Sao la, Vienamese Wikipedia là loài động vật quý hiếm chỉ có ở miền Tây Nam bộ, một trong những loài có trong sách đỏ của Hiệp hội bảo tồn thế giới. Loài này còn nổi tiếng trong giới khoa học máy tính Việt Nam vì là tên của chương trình đánh cờ nổi tiếng của anh Phạm Hồng Nguyên.

Tất nhiên nếu được phép tôi sẽ sequence genome của người Việt trước, việc này hầu như không còn khó trên thế giới nữa, các bản đồ genome người của các dân tộc châu Á (Trung Quốc, tất nhiên rồi Hàn, Nhật, Sing, …, ví dụ mới nhất này chẳng hạn) đều đã và đang được published. Anh Quang ở Sanger có đưa ra ý tưởng sequence genome người (ví dụ bộ ba bố/mẹ/con hay chọn những người bị bệnh SARs chẳng hạn…), nếu may mắn tìm ra những causal genes chỉ Vietnamese-specific thì đăng trên Nature hay Science không phải là impossible, hay ít nhất cũng trên tầm Genome Research nếu không có quá nhiều kết quả significant. Anh Quang ở vào một ví trí không thể tốt hơn để launch việc này, nói về Human Genome Sequence thì không đâu tốt hơn Wellcome Trust Campus (may ra có Boston sánh kịp). Hy vọng sớm nghe tin vui từ phía anh !

Cuộc chơi ở tầm thế giới sẽ chẳng bao giờ đơn giản nhưng như giáo sư Hưng nói “Việt Nam là một nước có hàng ngàn năm văn hiến, có một quá khứ oai hùng, một giải đất hài hoà, tài nguyên trù phú, hai mùa thuận lợi mưa nắng đi về, một vùng trời vùng biển bao la, án ngự trên một địa bàn chiến luợc tại Châu Á, một Châu lục đang trên đường chế ngự kinh tế toàn cầu, là một nước không thể nhỏ được!”

Maize sequencing, finally !

Cuối cùng, genome của ngô (tên khoa học hay dùng : maize) cũng được công bố bằng một loạt các bài báo trên PLoS Genetics (một trong những tạp chí world-class trong nghành). Ngô là loài đầu tiên người ta (Barbara McClintock, giải Nobel Y học năm 1983) phát hiện ra transposons với cơ chế copy/cut/paste nổi tiếng cho genome sequence, một trong hai đóng góp quan trọng mà dân thực vật học tự hào với thế giới sinh học (bên cạnh học thuyết di truyền của Mendel). Ngày nay thực vật học đặc biệt là loài model organism Arabidopsis thalina có nhưng đóng góp đặc biệt trong epigenetics.

Những phát hiện mới bao gồm (cực kỳ vắn tắt):

• Maintaining epigenetic silencing.
• Different functional isoforms mechanism.
• A genome-wide, high-resolution optical map of the maize B73 genome.
• They sequenced and annotated a 22-mb sequence from chromosome 4 and found 544 genes that have transposable elements, representing 84 percent of the sequence.
• A computational genome-wide survey of maize miRNAs and discovered 150 high-confidence genes within 26 miRNA families.

 

10 thuật toán hay nhất TK trước (phần 2: iterative and matrix decompositional method)

(tiếp theo phần 1 : 10 và 25 … (phần 1 : Monte Carlo và Simplex method))

• 1950: Krylov subspace iteration methods của Magnus Hestenes et.al

Iterative method (phương pháp lặp) là một trong những công cụ lợi hại nhất trong algorithm design, tôi thích tư tưởng của nó vì nó rất intuitive (cực kỳ đơn giản, xuất phát từ một số dự đoán ngẫu nhiên, xây dựng các lời giải tiếp theo dựa trên những lời giải hiện tại cho tới khi nào đủ tốt hoặc không còn đủ thời gian thì stop. Magnus Hestenes và các đồng nghiệp đã phát minh ra một trong những phương pháp lặp hay nhất trong lịch sử nghành này để giải một trong những bài toán kinh điển nhất trong đại số tuyến tính Krylov subspace (tôi không nhớ hoặc không biết dịch tiếng Việt ra sao).  Chân thành mà nói, tôi không đọc original paper mà chỉ đọc những đoạn viết review về thuật toán này. Tư tưởng rất đơn giản mà tuyệt vời, sử dụng gradient method nổi tiếng để xấp chỉ chuỗi các ma trận Krylov. Tại sao nó đẹp ? Đơn giản là vì nó mở đường cho rất nhiều thuật toán nổi tiếng và các phương pháp tính toán nổi tiếng trong ma trận, một trong những nghành con có nhiều ứng dụng nhất trong đại số tuyến tính.

• 1951: decompositional approach for matrix computation của Alston Householder

Dân CS ai hẳn cũng nghe qua bài toán QR decomposition (tiếng Việt chuyên nghành của tôi hiện tại cực tệ, không nhớ nổi dịch thế nào nữa) hay bước đầu tiên trong thuật toán cùng tên nổi tiếng sử dụng để tính các eigenvalues and eigenvectors (vector riêng và giá trị riêng) của ma trận. Nhà toán học người Mỹ có cái tên rất đẹp Householder, đã phát minh ra một cách transformation (biến đổi) tuyến tính sau này mang tên ông  giữa plane và hyperplane. Ứng dụng (again, vẻ đẹp của toán học là ứng dụng) của nó trong các nghành khoa học như CS hay Bioinformatics là không bút nào tả xiết, search trên pubmed hoặc google scholar nhiều vô số (tôi dự định có một serie về những ứng dụng của matrix computation trong sinh tin học nhưng không thể tìm được thời gian rảnh, hy vọng sau này học xong sẽ có ).

Bản đồ 3D, CNVs của genome người …

Cực ngắn :

• Bản đồ 3D đầu tiên của human genome được report trên Science. Cấu trúc 3D cho genome không phải là vấn đề mới mẻ nhưng trước đây chúng ta chỉ có thể resolve được cho từng phần nhỏ, scale bé, đầy là lần đầu tiên thành công với genome-wide context. Công lớn thuộc về các khoa học gia của Broad Institute nổi tiếng.
• Cũng về human genome, bản đồ CNVs (Copy Number Variants) bao gồm 12K variants được công bố trên Nature bởi Wellcome Trust Sanger Institute. Cũng trên Nature, người ta công bố những nghiên cứu mới về breast cancer, đặc biệt trong đó chỉ ra rằng các tế bào ung thư chứa nhiều mutations khác nhau có thể thay đổi qua thời gian.
• ĐH Basel và ĐH British Columbia công bố trên Genome Biology sequenced the genome of Octosporea bayeri, a large microsporidian pathogen.
• PNAS không có gì đọc được cả, ngoại trừ “the energy landscape changes with the addition of repeat units” và điều này giúp thiết kế các repeat proteins trong kinetics research.
• Các nhà khoa học ở Toronto công bố một network bao gồm 4000 interactions giữa gần 2000 proteins trên PLoS Comp.Biology. PLoS Genetics có debates về  GWAS data should be made publicly available khá thú vị.