10 thuật toán hay nhất TK trước (phần 2: iterative and matrix decompositional method)

(tiếp theo phần 1 : 10 và 25 … (phần 1 : Monte Carlo và Simplex method))

• 1950: Krylov subspace iteration methods của Magnus Hestenes et.al

Iterative method (phương pháp lặp) là một trong những công cụ lợi hại nhất trong algorithm design, tôi thích tư tưởng của nó vì nó rất intuitive (cực kỳ đơn giản, xuất phát từ một số dự đoán ngẫu nhiên, xây dựng các lời giải tiếp theo dựa trên những lời giải hiện tại cho tới khi nào đủ tốt hoặc không còn đủ thời gian thì stop. Magnus Hestenes và các đồng nghiệp đã phát minh ra một trong những phương pháp lặp hay nhất trong lịch sử nghành này để giải một trong những bài toán kinh điển nhất trong đại số tuyến tính Krylov subspace (tôi không nhớ hoặc không biết dịch tiếng Việt ra sao).  Chân thành mà nói, tôi không đọc original paper mà chỉ đọc những đoạn viết review về thuật toán này. Tư tưởng rất đơn giản mà tuyệt vời, sử dụng gradient method nổi tiếng để xấp chỉ chuỗi các ma trận Krylov. Tại sao nó đẹp ? Đơn giản là vì nó mở đường cho rất nhiều thuật toán nổi tiếng và các phương pháp tính toán nổi tiếng trong ma trận, một trong những nghành con có nhiều ứng dụng nhất trong đại số tuyến tính.

• 1951: decompositional approach for matrix computation của Alston Householder

Dân CS ai hẳn cũng nghe qua bài toán QR decomposition (tiếng Việt chuyên nghành của tôi hiện tại cực tệ, không nhớ nổi dịch thế nào nữa) hay bước đầu tiên trong thuật toán cùng tên nổi tiếng sử dụng để tính các eigenvalues and eigenvectors (vector riêng và giá trị riêng) của ma trận. Nhà toán học người Mỹ có cái tên rất đẹp Householder, đã phát minh ra một cách transformation (biến đổi) tuyến tính sau này mang tên ông  giữa plane và hyperplane. Ứng dụng (again, vẻ đẹp của toán học là ứng dụng) của nó trong các nghành khoa học như CS hay Bioinformatics là không bút nào tả xiết, search trên pubmed hoặc google scholar nhiều vô số (tôi dự định có một serie về những ứng dụng của matrix computation trong sinh tin học nhưng không thể tìm được thời gian rảnh, hy vọng sau này học xong sẽ có ).

Bản đồ 3D, CNVs của genome người …

Cực ngắn :

• Bản đồ 3D đầu tiên của human genome được report trên Science. Cấu trúc 3D cho genome không phải là vấn đề mới mẻ nhưng trước đây chúng ta chỉ có thể resolve được cho từng phần nhỏ, scale bé, đầy là lần đầu tiên thành công với genome-wide context. Công lớn thuộc về các khoa học gia của Broad Institute nổi tiếng.
• Cũng về human genome, bản đồ CNVs (Copy Number Variants) bao gồm 12K variants được công bố trên Nature bởi Wellcome Trust Sanger Institute. Cũng trên Nature, người ta công bố những nghiên cứu mới về breast cancer, đặc biệt trong đó chỉ ra rằng các tế bào ung thư chứa nhiều mutations khác nhau có thể thay đổi qua thời gian.
• ĐH Basel và ĐH British Columbia công bố trên Genome Biology sequenced the genome of Octosporea bayeri, a large microsporidian pathogen.
• PNAS không có gì đọc được cả, ngoại trừ “the energy landscape changes with the addition of repeat units” và điều này giúp thiết kế các repeat proteins trong kinetics research.
• Các nhà khoa học ở Toronto công bố một network bao gồm 4000 interactions giữa gần 2000 proteins trên PLoS Comp.Biology. PLoS Genetics có debates về  GWAS data should be made publicly available khá thú vị.

Nobel Hoá học 2009 : beyond central dogma hay câu chuyện kỳ diệu của ribosome

Giải Nobel giành cho nghành khoa học cơ bản cuối cùng trong năm đã được công bố (tôi coi Kinh tế là một nghành khoa học hiện đại, kết hợp nền tảng của toán học và xác suất thống kê, còn Nobel Hòa bình và văn học không thuộc khái niệm khoa học mà tôi đề cập). Ba nhà khoa học, hai người Mỹ Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz, và một người Do Thái Ada E. Yonath đã chiến thắng cho những cống hiến và phát hiện quan trọng của họ trong “nghiên cứu cấu trúc và chức năng của ribosome” (nguyên văn : “for studies of the structure and function of the ribosome”).

Ribosome là gì và được phát hiện như thế nào ?

Dân sinh ai cũng biết central dogma của Crick đề xuất năm 1971 đơn giản và quan trọng thế nào. Chỉ đơn giản là DNA(gene) qua transcription thành RNA(mRNA) và phiên dịch (translate) thành protein (peptide sequence). Quá trình transcription từ DNA thành mRNA được thực hiện bởi RNA polymerase enzyme, còn quá trình translation từ mRNA ra protein (nguyên liệu cuối cùng hình thành sự sống, let’s say) được thưc hiện bởi ribosome. Người đầu tiên phát hiện ra cấu trúc tinh thể 3 chiều (crystal, nhớ lại câu chuyện The Dark Lady of DNA sẽ biết crystal structure quan trọng như thế nào trong việc mô hình hóa cấu trúc vật lý) của ribosome trong một loài bacteria (có tên là Bacillus stearothermophilus) vào năm 1980 (bài được đăng trên tạp chí Biochem Int). Sau đó rất nhiều người (cả bản thân Jonath group nữa) có nhiều đóng góp về cấu trúc tinh thể này. Câu chuyện về ribosome tiếp tục như vậy cho đến 10 năm sau với 2 nhân vật chính khác Ramakrishnan và Steitz.

Steiz, Ramakrishnan và các đồng nghiệp là những người đầu tiên giải quyết những thách thức cho cấu trúc của ribosome complex ở large-scale và high-resolution.Và họ còn tiếp tục có những cống hiến trong những năm 2000s.

Tại sao họ được trao giải Nobel ?

Nếu không phát hiện và nghiên cứu thành câu về structure và function của ribosome, chúng ta sẽ không bao giờ hiểu được cơ chế DNA được encode sang protein như thế nào mặc dù nó được mô tả trong central dogma từ trước đó 10 năm. Nó đồng thời giúp giải quyết nhiều câu hỏi tồn tại lâu trong protein synthesis. Thông cáo báo chí của Nobel Prize Foundation khẳng định những đóng góp của họ có ảnh hưởng rất to lớn (nguyên văn far-reaching) cho khoa học và y học cơ bản.

Nobel Vật lý 2009 : câu chuyện cáp quang của người Tàu …

Charles K. Kao, người Tàu Hongkong, sinh ra ở Thượng Hải, lớn lên ở Hongkong, học hành và thành đạt ở UK (PhD ở Imperial College, London) vừa được trao 1/2 giải Nobel Vật lý năm nay cho những phát minh tiên phong trong lĩnh vực truyền thông cáp quang. Ảnh hưởng của nó miễn bàn từ lớn đến nhỏ, cả hệ thống internet toàn cầu dựa vào nó, hay là những sợi cáp quang chỉ có tính chất trang trí làm đèn lồng Trung thu chẳng hạn.

Hình bên trái là minh họa global communication sử dụng cáp quang, nếu cuốn nó xung quanh trái đất chắc khoảng vài chục nghìn vòng. Quá xứng đáng, báo chí tụi Tàu lại có dịp nổ vang rền.

1/2 giải còn lại thuộc về hai ngưỡi Bắc Mỹ (Willard S. Boyle, người Canada và George E. Smith, người Hoa Kỳ) giành cho những phát minh về “imaging semiconductor circuit”. Không ấn tượng và hoàng tráng bằng quả của Charles Kao theo feelings của cá nhân tôi.

Nobel Y học 2009 – tôn vinh câu chuyện bí mật của “telomere”

Nobel Y học năm nay tôn vinh 3 nhà khoa học người Mỹ (Elizabeth H. Blackburn, Carol W. Greider và Jack W. Szostak) cho những phát hiện quan trọng của họ về cơ chế bảo vệ nhiễm sắc thể (chromosomes) bởi telomere và enzyme telomerase cách đây hơn 20 năm. Ba bài báo quan trọng lần lượt được xuất bản năm 1982 và 1985 trên Cell, và trên Nature năm 1989.

Đây thực sự là một amazing story.

Telomeres được dự đoán ra có khả năng bảo vệ chromsomes không thường xuyên bị shorten (về lý thuyết chromsomes sẽ bị rút ngắn độ dài mỗi khi có cell division) từ rất sớm bởi Hermann Muller (Nobel Prize 1946) và Barbara McClintock (người tìm ra transposons, Nobel Prize năm 1983), nhưng cơ chế bảo vệ như thế nào vẫn là một mysterious ở thời điểm đó.

Elizabeth Blackburn trong khi nghiên cứu nhiễm sắc thể của Tetrehymena (một loại vi khuẩn đơn nhân sống trong nước) đã xác định được một chuỗi DNA ngắn (CCCCAA) được lặp đi lặp lại nhiều lần ở hai đầu (ends) của chromsomes. Khám phá này là significant nhưng function của chuỗi DNA đó vẫn chưa được đặc tả rõ ràng.

Cùng thời điểm, Jack Szostak quan sát rằng một linear DNA molecule (một loại chromosome cỡ bé) bị degraded (phá hủy ???) rất nhanh khi introducing vào yeast cells. Không khó để nhận ra rằng khi hai người gặp nhau, idea sẽ được popped up. Bà Blackburn isolated chuỗi CCCCAA, rồi Szostak tìm cách ghép nó (tiếng Anh gốc là coupled, tôi chưa tìm được từ dịch tương ứng) vào chromsomes do ông thí nghiệm. Và kết quả cực kỳ thú vị, các chromsomes này được bảo vệ và không bị phá hủy. Công trình của họ đăng trên Cell năm 1982. Sau đó, các đặc tả sequence của telomere DNA được rõ ràng và đầy đủ hơn, người ta cũng tìm ra được là nó xuất hiện trong hầu hết các loài khác từ thực vật, động vật cho đến con người.

Carol Greider, sinh viên PhD của Blackburn tiếp đó nghiên cứu và tìm ra một loại enzyme giúp hình thành telomere DNA, họ đặt tên là telemerase và chứng minh nó bao gồm cả RNA lẫn protein. Công trình xuất bản trên Cell sau bài báo của Szostak và Blackburn 3 năm. Sau đó, vào năm 1989 họ đăng trên Nature công trình về tầm quan trọng của telomere sequence trong RNA của Tetrahymena telomerase (enzyme) trong quá trình synthesizing telomere repeat (chuỗi CCCCAA ngắn kỳ ảo).

Câu chuyện là vậy, tại sao nó lại được trao giải thưởng uy tín nhất trong khoa học ? Bởi vì nó giúp người ta lý giải được cell aging. Tại thời điểm đó, thậm chí các nhà khoa học còn tin rằng telomeres là nguyên nhân duy nhất của việc lão hóa không chỉ trong các tế bào đơn lẻ mà còn trong cả organism. Tất nhiên sau này người ta tìm ra nhiều nguyên nhân quan trọng khác, nhưng telomeres vẫn là một trong những nguyên nhân quan trọng nhất và các hướng nghiên cứu về nó vẫn còn rất intense.

Thêm một khám phá quan trọng nữa của sinh học được tôn vinh, người Mỹ lại chiến thắng như thường lệ sau khi để giải Nobel Y học năm ngoái rơi vào tay người Pháp và Đức nhờ những khám phá trong HIV và ung thư cổ tử cung.

Chỗ tôi có một ông (Karel Riha) làm về telomere, 2 năm trước có những đóng góp rất lớn về Ku protein (một loại protein giúp suppress formation của telomeres và lengthen telomere khác trong Arabidopsis, đầu năm nay câu chuyện về Ku tiếp tục được đăng trong mammalians) trong câu chuyện chromosome end protection này.

Tôi trông chờ Nobel Prize về Hóa học và Vật lý, không hiểu đọc hai nghành này có hiểu được tẹo nào không.

10 và 25 … (phần 1 : Monte Carlo và Simplex method)

Tuần trước vừa đọc được một cái link về 10 thuật toán hay nhất trong thế kỷ trước, toàn kinh điển cả điểm thử ra đây xem sao (theo dòng thời gian).

1. 1946: Monte Carlo method của John von Neumann et.al. Monte Carlo (MC) thật đẹp, nhất là khi ta không thể tìm được lời giải bằng các phương pháp deterministic. Một trong những ví dụ sinh động của MC mà tôi đọc ở đâu đó (hình như là Blog KHMT) là có một ly nước chanh có đường ở phía dưới chưa được khuấy lên, ta không thể nếm ở trên (dù ít hay nhiều) để rồi kết luận là ly nước này không có đường được. Trong thực tế không phải cái gì ta cũng khuấy (mix) lên được, cho nên người ta hay làm là nếm chỗ này một ít, chỗ kia một ít trước khi kết luận. Ứng dụng đẹp nhất của MC có lẽ là MCMC (Markov Chain Monte Carlo), Markov chain là một cách người ta tìm cách xâu chuỗi dữ liệu lại với nhau, không khó để tưởng tượng ra khi kết hợp với Monte Carlo nó giúp ích như thế nào. Một ví dụ đơn giản là:  Ứng dụng trong bioinformatics thì nhiều kinh khủng, search PubMed ra hàng đống. Gần đây nhất học được ứng dụng của MCMC trong estimating background distribution với ChIP-Seq data trong trường hợp control data không available, bài đăng trên Bioinformatics năm ngoái.
2. 1947: Simplex method for linear programming của George Dantzig . Tiếng Việt gọi là “phương pháp đơn hình” (chắc cần thời gian để nhớ lại hồi học ở VN tại sao nó được gọi như vậy). Vẻ đẹp của nó miễn bàn (blog của anh Long nói rất kỹ về mặt toán học), và đẹp hơn ở khả năng ứng dụng. Mặc dù về mặt lý thuyết độ phức tạp là hàm exponential, nhưng trong thực hành (practice) nó hội tụ về lời giải tốt khá nhanh (trong thời gian tuyến tính), đẹp như Quick Sort (sẽ bàn ở phần sau vậy). Ứng dụng của Simplex method muôn hình muôn vẻ miễn là transform được bài toán về dạng quy hoạch tuyến tính là ok, thường với các bài toán NP-hard người ta tìm đến cách này trước (đơn giản hơn, dễ design) rồi nếu không tốt mới tìm cách thiết kế các heuristics (cái này học được trong một personal communication với anh Hưng ở blog Khoa học máy tính). Applications của phương pháp đơn hình trong sinh học còn hạn chế, chỉ có 17 bài trên PubMed, hy vọng có nhiều trong tương lai .

Next (coming soon …)

1. 1950: Krylov subspace iteration methods của Magnus Hestenes et.al
2. 1951: decompositional approach for matrix computation của Alston Householder
3. 1957: Fortran optimizing complier của John Backus ở IBM.
4. 1959-1961: QR algorithm  của J. Francis
5. 1962: Quick Sort của Tony Hoare
6. 1965: Fast Fourier Transform của James Cooley
7. 1977: Integer relation detection algorithm của Helaman Ferguson
8. 1987: Fast multipole algorithm của Leslie Greengard.

25 cuốn sách khoa học vĩ đại nhất mọi thời đại (by chance download được PDF, ai muốn tôi gửi cho ). Tôi sẽ cố gắng điểm qua trong một vài năm (:D hình như còn quá ngắn để đọc hết, thực ra là never). Hiện tại chỉ mới đã và đang đọc cuốn “What is a Life” của Erwin Schroedinger (nhà vật lý vĩ đại người Áo), cuốn “Double Helix” của JD Watson, cuốn “A Brief History of Time” của Hawking, bà xã từng đọc qua cuốn “The Interpretation of Dreams” của Sigmund Freud (một người Áo nổi tiếng nữa). Có quá nhiều thú vị, chỉ sợ chẳng có đủ sức và hứng thú để đọc.

• 1. and 2. The Voyage of the Beagle (1845) and The Origin of Species (1859) by Charles Darwin [tie]

• 3. Philosophiae Naturalis Principia Mathematica (Mathematical Principles of Natural Philosophy) by Isaac Newton (1687)
• 4. Dialogue Concerning the Two Chief World Systems by Galileo Galilei (1632)
• 5. De Revolutionibus Orbium Coelestium (On the Revolutions of Heavenly Spheres) by Nicolaus Copernicus (1543)
• 6. Physica (Physics) by Aristotle (circa 330 B.C.)
• 7. De Humani Corporis Fabrica (On the Fabric of the Human Body) by Andreas Vesalius (1543)
• 8. Relativity: The Special and General Theory by Albert Einstein (1916)
• 9. The Selfish Gene by Richard Dawkins (1976)
• 10. One Two Three . . . Infinity by George Gamow (1947)
• 11. The Double Helix by James D. Watson (1968)
• 12. What Is Life? by Erwin Schrˆdinger (1944)
• 13. The Cosmic Connection by Carl Sagan (1973)
• 14. The Insect Societies by Edward O. Wilson (1971)
• 15. The First Three Minutes by Steven Weinberg (1977)
• 16. Silent Spring by Rachel Carson (1962)
• 17. The Mismeasure of Man by Stephen Jay Gould (1981)
• 18. The Man Who Mistook His Wife for a Hat and Other Clinical Tales by Oliver Sacks (1985)
• 19. The Journals of Lewis and Clark by Meriwether Lewis and William Clark (1814)
• 20. The Feynman Lectures on Physics by* Richard P. Feynman, Robert B. Leighton, and Matthew Sands (1963)
• 21. Sexual Behavior in the Human Male by Alfred C. Kinsey et al. (1948)
• 22. Gorillas in the Mist by Dian Fossey (1983)
• 23. Under a Lucky Star by Roy Chapman Andrews (1943)
• 24. Micrographia by Robert Hooke (1665)
• 25. Gaia by James Lovelock (1979)

Ngoài ra có có một vài cuốn không trong danh sách nhưng more than worth to read :

• 1. The Interpretation of Dreams by Sigmund Freud (1900)
• 2. The Lives of a Cell by Lewis Thomas (1974)
• 3. The Varieties of Religious Experience by William James (1902)
• 4. The Structure of Scientific Revolutions by Thomas S. Kuhn (1962)
• 5. A Brief History of Time by Stephen Hawking (1988)
• 6. Guns, Germs, and Steel by Jared Diamond (1997)
• 7. The Elegant Universe by Brian Greene (1999)
• 8. The Making of the Atomic Bomb by Richard Rhodes (1986)

Laboratory Technician – từ câu chuyện buồn về Annie Le tội nghiệp

Annie Le thật tội nghiệp, cầu cho linh hồn cô siêu thoát và mong kẻ gây tội ác sớm phải trả giá. Nước Mỹ, ước mơ của tôi đáng sợ vậy sao ? Chẳng muốn tin được đất nước của những câu chuyện lãng mạn của Hemingway, Mark Twain, hay những bộ phim đầy tính nhân văn như Forest Gump hay Ngôi nhà nhỏ trên thảo nguyên lại có những việc hãi hùng như vậy. Dù chẳng gì thay đổi được sức hút ngày càng lớn trong tôi, vẫn không thể không rùng mình …

Báo Dân trí dịch tin thật buồn cười, “Chuyên viên nghiên cứu đã được thả“, tôi giật mình nghĩ đến chuyện conflicts trong research rồi thủ tiêu nhau. Có lẽ không phải vì dường như từ “chuyên viên nghiên cứu” được dịch từ “laboratory technician”, tôi lượm được từ NY Times. Dịch là “kỹ thuật viên” như vnexpress có vẻ ổn hơn, dù không hài lòng lắm (“trợ lý thí nghiệm” thì sao nhỉ ). Dịch sang tiếng Việt thật khó !

Nhân tiện bổ sung, báo chí mình vẫn kêu là “ADN testing“, ảnh hưởng quá lớn của tiếng Pháp.

Quay lại câu chuyện về technician, một nhân vật cực kỳ quan trọng và không thể thiết trong các lab sinh học. Họ là những người lành nghề, có thể có PhD hoặc chưa, rất cẩn thận và tỷ mỉ với công việc hỗ trợ các nhà nghiên cứu làm thí nghiệm. Tôi thường nói đùa bà technician người Mỹ ở lab là nếu có nhiều robot thì tốt hơn, bà ấy cười to và nói mày muốn bọn tao thất nghiệp hết à, rồi seriously, bà bảo nhiều khi cần tricks tụi tự động không làm được, cái này cần kinh nghiệm. Tôi hiểu được khi nghe discussion nhiều trong lab meeting. Rất nhiều technician trưởng thành lên, thậm chí thành group leader như ông này ở IMBA chẳng hạn (tôi nghe được câu chuyện khi đi nghe seminar). Hồi còn ở building cũ, trưa hay đi ăn với một chị người Slovakia, làm xong PhD rồi cũng xuất phát từ technician, rồi research associates.

Sinh học thật là thú vị, vì nó chứa a lot of discoveries, và ai cũng có cơ hội !

GenRes & PNAS : Singapore HapMap, Sequence physical properties of protein structure

By the supports from UK (Wellcome Trust, of course, I couldn’t think of other names except them for the human genome project in UK), Singapore reported the first HapMap (well-known as haplotype map) of South-East Asian populations (China, Malaysia, and India). Nothing else applying the current methods existed in Human Genome Project in order to have the new insights of Asian human populations. They claimed to provide the  resource, data, and current analytic results for the community. It is not realistic to hope for the similar HapMap for Vietnam where we even donot have any Genome community as well as the data and research centers about one of the most important fields all over the world.

ScanDaily screened the news in Genome Research last week:

• University of Manchester’s Andrew Sharrocks is lead author on a paper that used ChIP-chip to find all the target genes of the ETS-domain transcription factor ELK1. To my understanding, the ETS-domain transcription factor is quite well-known and easy-determined, that is why they donot need ChIP-Sequencing.
• Using a combination of “methyl-CpG immunoprecipitation and locus-wide tiling arrays,” the scientists found several hundred differentially methylated regions between cells from two inbred mouse strains. Importantly, they write, “in F1 hybrids, the majority of strain-specific methylation patterns in somatic cells were maintained on the parental allele, regardless of their status in male germ line.”

Interestingly, PNAS this week reported a numerical analysis for sequence physical properties of protein structure. “hese sequence sets then can be viewed as points in a 10-dimensional space, and the organization of that space, determined only by sequence properties, is similar at both local and global scales to that of the space of protein structures determined previously” said paper.

ScanDaily for PNAS this week:

• This suggests that in aging-related diseases caused by changes in protein conformation, misfolding is an early molecular event.
• University of Illinois, Urbana-Champaign used whole-genome microarrays to compare gene expression patterns between the guts of healthy bee populations and those suffering from colony collapse disorder, which is thought to be due to pesticides or pathogens.
• University of Illinois, Urbana-Champaign’s Gene Robinson is lead author on work that links gene expression changes and aggression in honeybee behavioral evolution. Microarray gene expression analysis showed that there were expression differences for hundreds of genes in the brain between the aggressive Africanized honeybee and the more docile European honeybee.
• Michael Snyder and Mark Gerstein, along with first authors Raymond Auerbach and Ghia Euskirchen, have published a new method for mapping chromatin called Sono-seq. Blending “sonication of cross-linked chromatin … with a size-selection step and massively parallel short-read sequencing,” they were able to map promoter regions of high chromatin accessibility.

Yes, we can save Mekong river !

Tôi bị mê mẩn bộ phim tài liệu “Mekong ký sự” (sẽ có entries trong tương lai điểm về nó).  Sáng nay nhận được email của anh Thắng :

chào các bạn,

gởi đến các bạn một số bài nghiên cứu & phỏng vấn tiêu biểu trong loạt trên 20 bài viết trong thời gian qua:
bài viết của Bs. Ngô Thế Vinh (USA) – http://www.rfi.fr/actuvi/articles/116/article_4717.asp
bài phỏng vấn của Ks. Phạm Phan Long (USA) – http://www.rfi.fr/vietnamien/actu/articles/116/article_4549.asp
bài viết của Ks. Nguyễn Ðức Hiệp (Australia) – http://www.rfi.fr/vietnamien/actu/articles/116/article_4443.asp
bài viết của Phạm Thành Sơn (Vietnam) – http://www.tuoitre.com.vn/Tianyon/Index.aspx?ArticleID=332851&ChannelID=17
tin tại An Giang (Vietnam) – http://www.tuoitre.com.vn/Tianyon/Index.aspx?ArticleID=333268&ChannelID=17
bài viết của Ts. Nguyễn Ngọc Trường (Vietnam) – http://www.tuoitre.com.vn/Tianyon/Index.aspx?ArticleID=327097&ChannelID=119
bài viết của Ts. Tyson R. Roberts (USA) – http://vietnamnet.vn/thegioi/hoso/2009/08/863123/

các bạn bỏ ra 30 giây có thể cứu lấy dòng sông Mekong của 70 triệu người, ký tên kiến nghị (petition).
http://salsa.democracyinaction.org/o/2486/t/8905/p/dia/action/public/?action_KEY=638

Thang Tran
President
The Institute for Vietnamese Culture & Education (IVCE).
————————
http://www.ivce.org

Genome-wide context, Epigenetics, …

Genome-wide context ngày càng trở lên là mốt nhất là khi các kỹ thuật mới ngày càng phát triển theo đúng mục tiêu”Olympic” : nhanh hơn, rộng hơn (wider), chính xác hơn và … rẻ hơn. Viện thực vật học ở Đức và Thụy Sĩ công bố dữ liệu high-throughput sequencing đầu tiên cho wheat (đậu) và barley (một giống lúa mì thì phải) sử dụng công nghệ 454. Một trong những kết luận quan trọng nhất là “thành phần của các Transposable Elements khác xa nhau cho dù các loài này có genome và phylogenetic relationship cực kỳ gần gũi”. What a epigenetic phenomena !

Nhân tiện nói về high-throughput sequencing, NAR kỳ này có đưa ra một phương pháp đánh giá các nhân tố như background distribution, sequence và read length ảnh hưởng như thế nào trong các short read experiment.

Cũng trong genome-wide context và trên NAR, một nhóm ở Munich đưa ra so sánh giữa các histone modification ở các parental locus và offspring ones sau khi thiết lập cấu trúc chromatin. Cũng lại histone modifications, một trong các yếu tố epigenetic quan trọng nhất, người ta tìm được mối liên hệ với DNA methylation trong các imprinting regions với mammalian.

Từ high-throughput sequencing back lại technique từng làm mưa làm gió trong genome-wide analysis vài năm gần đây, microarray, trên Plant Journal có công bố về một cách phát hiện sRNA targets dựa trên microarray và trên Bioinformatics, có trình bày một phương pháp xác suất cho phân tích các gene cùng biểu hiện (co-expressed). Bài đầu có vẻ useful và chứng tỏ microarray vẫn còn hữu ích trong một số nghiên cứu nhất định nhất là targeting genes, cái thứ hai thật tình không hiểu sao vẫn còn attractive.

Mệt mỏi về vụ visa, chỉ screen được đến thế. Thử xem Scan Daily kỳ này có gì hay, họ điểm tin trên Genome Biology, tạp chí IF trên 6:

• scientists at Maine’s Jackson Lab have launched the MouseCyc database.
• One, called Ibis, is a new, “accurate, fast and easy-to-use” base caller for Illumina’s Genome Analyzer. Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology researchers say that it reduces error rates and increases the number of usable reads.
• called Synorth, also online, can be used “for exploring and categorizing the syntenic relationships in genomic regulatory blocks across multiple genomes,”.
• a study takes a genome-wide look at how two DNA/RNA binding proteins regulate gene expression.

Nhân tiện nhận được thư của Scan Daily về việc PLoS Current ra đời “a new and experimental website for the rapid communication of research results and ideas.” The first of the PLoS Currents sites will focus on influenza and contributions can range from epidemiology to genomics and from virology to policy.

Cuối cùng dân sinh học và cac nghành khoa học thực nghiệm cũng tiến tới một nơi để có thể bảo vệ novel ideas, claimed own works trước khi submit lên một formal journal.