A taskmaster transcription factor

Hôm nọ thấy bài này trên Molecular Systems Biology, có download về định đọc để trình bày journal club thì thấy trên The Scientists giật title tương tự. Dù chắc là không quyết định trình bày bài này, nhưng đọc the Scientists cũng làm cho mình biết được một góc cạnh mới nhất về regulatory factors trong nghiên cứu sinh học. Dưới đây là thông tin lược dịch.

Các tác giả claimed rằng họ tìm được một chuỗi (scattered array) DNA được tìm qua horizontal transfer có thể cùng tiến hóa trong một mạng di truyền (genetic network) sao cho cực đại hóa fitness của một loài nhất định. Transcription factor này điều khiển hơn 100 genes mới được phát hiện (rất tò mò xem những genes mới này là gì khi có time). Điều thú vị đây là lần đầu tiên người ta mô tả được quá trình “global integration” của các genes mới này bởi 1 transcription factor riêng lẻ (nhóm tác giả ở Viện Systems Biology, Washington phát biểu) và đây là một quá trình tiến hóa quan trọng ảnh hưởng đến tất cả các loài sinh vật. Các tác giả sử dụng kết hợp từ các phương pháp di truyền cổ điển, đến các phương pháp genome-wide và tính toán hiện đại để đặc tả hóa (characterize) factor có tên là TrmB này, một loại sugar-specific transcription ảnh hưởng đến quá trình metabolism trong Halobacterium salinarum. Thêm vào đó, họ phát hiện ra rằng sự biến mất (absence) của glucose hay glycerol (hai nguồn carbon chính) khiến TrmB kích hoạt (activate) hay repress promoters (vùng trước genes) của vùng mã gene (gene coding) cho các metabolic enzymes.

Việc các genes này chỉ có số ít là archaeal chứng tỏ tầm quan trọng của phát hiện này trong cá 3 domains quan trọng của sự sống, nhưng tất cả mới là bước đầu, các tác giả cũng khẳng định họ đang tiếp tục nghiên cứu những bước phức tạp tiếp theo ví dụ như tìm ra regulatory network (undergoing quá trình nói trên), hay các vấn đề về quá trình tiến hóa của genome và transcription chẳng hạn. Công trình này được cộng đồng đánh giá rất cao, là công trình đầu tiên “put all suggestive evidences together to give a systems perspective”, ý nghĩa cúa nó tương tự như việc người ta phát hiện ra và mô hình hóa regulatory network trong E.Coli (best model organism for such type of this research).

Tôi cũng từng cố gắng tìm transcription factor với hy vọng nó control và explain cho dữ liệu DNA methylation trong Arabidopsis, nhưng toàn negative results hoặc thứ đó thực sự không tồn tại.

So sad but true because that’s re-search.

Negative Proof